jQuery와 prototype을 함께 사용시 $의 소유권 문제로 충돌이 발생하게 된다.

이때, 충돌을 해결하면서 jQuery와 prototype을 함께 사용하기 위해선 jQuery쪽에서 충돌을 해소해 줘야 한다.

(function($) {

    $(function() {
        jQuery source;
    });

})(jQuery);

물론 $J = jQuery.noConflict();와 같이 $의 소유권을 포기하는 방법도 있긴하지만.
매번 $J라고 지정한 변수를 통해 소스코드를 작성해야하는 번거로움이 있기에 jQuery 소스를 위와 같이 한번 감싸주는것으로 해결이 가능하다.

간혹 $를 모두 jQuery로 바꾼다는 무식한 얘길 하는 사람들이 있는데, 이건 정말 정말 무식한 방법이다.
소스상의 모든 $를 조회하여 jQuery로 변경한다는게 손도 많이 갈뿐 아니라 그에 따른 버그가 생길수도 있다.
그럴 바엔 차라리 jQuery 사용을 포기해라...